OK, avec vos réponses et diverses ressources je commence à y voir plus clair. Dites-moi si je fais fausse route, et j’ai aussi quelques questions repérées (par un 
) si vous vous sentez d’y répondre 
Le protocole métier/Runtime
C’est le cœur d’une blockchain Substrate : à partir de la norme WebAssembly, la blockchain transporte carrément le protocole métier, aussi appelé Runtime, en plus des appels à celui-ci. Techniquement cela signifie que les blocs définissent les fonctions métier en plus de consigner leurs appels. Contrairement à Duniter par exemple où le protocole métier est codé dans le noeud et où seuls les appels aux fonctions sont dans les blocs, pour Substrate les deux sont inscrits dans la blockchain elle-même.
Je ne vois pas encore bien la différence avec Ethereum , même si j’ai l’impression qu’en fait c’est surtout qu’il existe un smart contract de niveau blockchain, que celui-ci peut être mis à jour à chaud (et donc sans hard fork).
Le protocole technique/Substrate
Je perçois aussi ce protocole, qui engloberait le protocole Runtime, même si le nom n’est pas formellement posé je crois (bien que ce protocole technique semble implémenté par le Client Substrate, le noeud si j’ai bien suivi).
Le protocole technique définirait un socle de base, incluant les notions de blocs (leur format général, à savoir HEAD et body), définit au moins quelques méta-données (provenant du HEAD) qui sont transmises au Runtime à son exécution, et définit aussi la portée du Runtime (syntaxe, ressources, fonctions de base (sorte de librairie standard)).
Le client Substrate (ou noeud) implémente ce protocole. En cas d’évolution ou de bug bloquant sur ce protocole ou son implémentation, on passe par un hard-fork.
Quel est le cadre du Runtime
Gouvernance
Je n’arrive pas encore bien à situer la gouvernance : plutôt métier ou technique, un peu des deux
L’algo de consensus BABE/GRANDPA
Celui-là on l’avait vu venir (Algorand) VRF et compagnie, consensus sans PoW.
Mais à l’époque la VRF était considérée trop récente, entre autres problèmes.
Et j’ai l’impression que BABE/GRANDPA va plus loin.
Charge / scalabilité
Je me demande à quel point une crypto-monnaie basée sur Substrate peut encaisser de charge ? Quelle serait la limite