“le natif en console”, c’est bien le paquet debian ? Et portainer, j’imagine que c’est un fichier docker-compose.yml. Dans les deux cas ce n’est pas yunohost, il me semble. Si c’est bien le cas, je déplacerai les posts dans les fils adapté. C’est plus simple d’avoir un fil par type d’installation (yunohost → Paquet YunoHost pour Duniter v2, debian → Paquet Debian pour Duniter v2, docker → [fil à créer, ou dans Support).
Il semble que tu as mis deux fois les mêmes logs, qui sont bien les logs d’un nœud en train de se synchroniser autour du bloc 3009216. As-tu un message d’erreur qui doit pourquoi la version docker ne veut pas se lancer ?