En effet, le mode service positionne par défaut un --home et un --mdb particuliers. Si tu veux pouvoir paramétrer ou voir les logs du service, il faut que tu utilises les mêmes paramètres quand tu exécute la commande duniter.
Je te conseille de ne pas modifier le fichier livré dans /lib/systemd/system, mais plutôt d’en créer un autre dans lequel tu ne fais que surcharger les valeurs que tu souhaites. Cela évitera que ta configuration se fasse écraser lors d’une prochaine montée en version (c’est la technique du drop-in, comme expliquée dans le guide d’installation).